Konteks
Contoh ini didasarkan pada "Rapor Madagaskar", yang awalnya dibuat oleh James Robinson, untuk membandingkan tutupan bentik dan biomassa ikan di antara lokasi-lokasi di Madagaskar dan mencoba mengidentifikasi apakah ada pola antara tutupan bentik dan biomassa ikan di antara lokasi-lokasi tersebut. Memvisualisasikan data ikan dan tutupan bentik bersama-sama seperti ini dapat membantu untuk mengidentifikasi apakah biomassa ikan dan tutupan bentik berkaitan antar situs dan apakah beberapa situs memiliki kondisi yang jauh lebih baik daripada yang lain. Informasi ini dapat menjadi langkah pertama untuk memeriksa kemungkinan terjadinya perbedaan tersebut.
Mendapatkan dan memformat ulang data
Pada artikel ini kita fokus pada kode untuk visualisasi, tetapi referensi selengkapnya (lihat bagian bawah halaman ini untuk tautan) juga mencakup cara mendapatkan data menggunakan paket "mermaidr" dan beberapa perubahan yang diperlukan pada data. Jika Anda ingin membuat ulang kode visualisasi di bawah ini, Anda harus merujuk ke referensi lengkap tersebut.
Tutupan bentik berdasarkan situs dan kategori
Grafik batang horizontal bertumpuk
Salah satu visualisasi pertama dalam rapor adalah grafik yang menunjukkan% tutupan semua kategori bentik tingkat tinggi untuk setiap situs dalam bentuk batang horizontal bertumpuk. Memvisualisasikan data dengan cara ini membuatnya lebih mudah untuk melihat perbedaan di seluruh situs. Menyajikan grafik batang dalam bentuk horizontal, dan bukan vertikal, akan lebih menguntungkan karena Anda dapat memasukkan jumlah situs yang bervariasi tanpa mengubah lebar grafik. Situs juga diurutkan dari % karang keras tertinggi hingga terendah, dengan nilai untuk % karang keras ditampilkan di sebelah kiri, sehingga sangat mudah untuk membandingkan kategori bentik di seluruh situs.
Biomassa ikan berdasarkan situs dan kelompok trofik
Grafik batang horizontal bertumpuk
Biomassa ikan juga dapat divisualisasikan dengan cara yang sama. Dalam visualisasi kedua dari rapor ini, panjang batang mewakili biomassa total dan setiap warna di dalam batang mewakili kelompok trofik. Kode ini serupa dengan tutupan bentik, namun menurut kami akan bermanfaat jika kami juga menunjukkan contoh yang berfokus pada biomassa ikan.
Membandingkan biomassa ikan dan tutupan bentik
Grafik sebar dengan GAM yang telah disesuaikan
Ada juga visualisasi dalam rapor yang menggabungkan biomassa ikan dan tutupan bentik. Contoh di bawah ini menunjukkan bagaimana biomassa ikan bervariasi dengan % tutupan kategori bentik yang berbeda menggunakan faceted scatterplot. Di dalam setiap scatterplot, data dimasukkan ke dalam generalized additive model (GAM) menggunakan geom_smooth function. Anda akan melihat bahwa tidak ada garis yang sesuai di facet untuk crustose coralline algae (CCA) - hal ini dikarenakan terlalu banyak angka nol untuk % tutupan (yaitu banyak survei yang tidak memiliki CCA). Meskipun kami tidak menunjukkannya di sini, ada visualisasi lain yang menggabungkan biomassa ikan dan tutupan bentik Dalam artikel selengkapnya (tautan di bawah) yang menunjukkan bagaimana biomassa ikan dari kelompok trofik yang berbeda bervariasi dengan % tutupan karang keras.
