Mengakses data proyek dari MERMAID

Mengakses data proyek Anda dari MERMAID menggunakan mermaidr merupakan proses mudah dengan hanya empat langkah.

Langkah 1: Menarik proyek Anda

Untuk menarik proyek Anda, gunakan fungsi mermaid_get_my_projects().

                        #memuat proyek Anda - mulai otentikasi jika dibutuhkan
my_projects <- mermaid_get_my_projects()
                    

Ketika fungsi ini dijalankan:

Jendela browser akan terbuka (jika ini adalah pertama kalinya Anda menggunakan mermaidr atau belum menggunakannya selama 24 jam terakhir)
Masukkan kredensial MERMAID Anda
Anda akan menerima pesan konfirmasi: Authentication complete. Please close this page and return to R.
Kembali ke RStudio dan sesi Anda akan diautentikasi

Langkah ini akan menarik semua proyek dimana Anda termasuk didalamnya sebagai pengguna Admin, Collector, atau Read-only.

Secara default, semua proyek uji coba Anda tidak disertakan ketika menjalankan fungsi mermaid_get_my_projects() ini.

Jika Anda juga ingin mengambil proyek pengujian Anda, jalankan fungsi ini:

                        #muat proyek Anda, termasuk proyek uji coba
my_projects <- mermaid_get_my_projects(include_test_projects = TRUE)
                    

Langkah ini akan menarik semua proyek, termasuk proyek uji coba yang Anda ikuti.

Langkah 2: Melihat Proyek Anda

Setelah dimuat, Anda dapat melihat proyek Anda dalam tabel menggunakan:

                        #lihat proyek Anda dalam bentuk tabel
View(my_projects)
#atau cetak proyek Anda di console
print(my_projects)
                    

Kode ini akan membuka tabel yang menampilkan daftar berisi:

ID dan nama proyek (Project IDs dan names)
Negara (Countries)
Jumlah situs (Number of sites)
Tag organisasi (Organization tags)
Catatan (Notes)
Kebijakan pembagian data (Data sharing policies)
Tanggal pembuatan/pemutakhiran (Creation/update dates)

Langkah 3: Memfilter proyek Anda

Anda dapat memfilter atau mengelompokkan proyek Anda (objek my_projects) menggunakan fungsi filter di dalam paket dplyr.

                        #instal paket dplyr jika dibutuhkan 
install.package(dplyr) 
#muat paket dplyr
library(dplyr) 
#filter proyek berdasarkan negara
indonesia_projects <- my_projects %>%
  filter(countries == "Indonesia")
                    

Anda dapat memfilter berdasarkan:

Negara (Country)
Nama atau ID proyek (Project ID atau name)
Tahun (Year)
Metode survei (mis. Sabuk Ikan/Fish Belt, PIT Bentik/Benthic PIT)
Tanda organisasi (Organization tags)

Atau, gunakan mermaid_search_my_projects() untuk mencari secara langsung:

                        #cari proyek Anda berdasarkan negara
indonesia_projects <- mermaid_search_my_projects(countries = "Indonesia")
                    

Anda juga dapat menggabungkan kueri untuk mempersempit pencarian Anda:

                        #cari proyek Anda berdasarkan negara dan tag organisasi
WCS_indonesia_projects <- mermaid_search_my_projects(countries = "Indonesia", tags = "WCS Indonesia")
                    

Langkah ini memudahkan dalam menyusun set data untuk analisis multi-lokasi atau regional.

Langkah 4: Mendapatkan data dari proyek

Setelah Anda memiliki daftar proyek yang telah difilter, Anda dapat mengambil datanya dengan menggunakan:

                        #mendapatkan data level observasi fish belt untuk proyek yang telah di filter
indonesia_projects %>%
  mermaid_get_project_data(method = "fishbelt", data = "observations")
                    

Perintah ini akan menampilkan semua pengamatan mentah untuk metode yang ditentukan-dalam contoh ini Fish Belt-di seluruh proyek yang telah difilter. Anda dapat menentukan satu atau beberapa metode survei, dan mengambil data untuk berbagai tingkat agregasi.

Anda dapat menentukan metode survei berikut ini:

"fishbelt" = Sabuk Ikan
"benthicpit" = PIT Bentik
"benthiclit" = Bentik LIT
"benthicpqt" = Benthic Photo Quadrat
"bleaching" = Pemutihan Karang
"habitatcomplexity" = Kompleksitas Habitat

Dan pilih tingkat agregasi:

"observations" = Pengamatan mentah
"sampleunits" = Rata-rata tingkat unit sampel
"sampleevents" = Rangkuman tingkat sample event

Untuk menggabungkan berbagai metode dan tingkat agregasi data:

                        #mendapatkan data fish belt dan benthic pit untuk proyek yang sudah di filter pada tingkat unit sampel dan sample event
indonesia_projects %>%
  mermaid_get_project_data(method = c("fishbelt", "benthicpit"), data = c( "sampleunits", "sampleevents")
                    

Kode ini akan menampilkan semua data gabungan untuk metode yang ditentukan-dalam contoh ini, Sabuk Ikan (Fish Belt) dan PIT Bentik (Benthic PIT)-dirata-ratakan pada tingkat unit sampel dan tingkat sample event.

Pelajari lebih lanjut tentang cara mengakses data proyek Anda di dokumentasi GitHub kami: Mengakses data proyek

Mengakses data yang tersedia untuk publik di MERMAID

Selain proyek Anda sendiri, Anda dapat mengakses dan menganalisis data ringkasan pada tingkat sample event dari semua proyek yang telah tersedia untuk publik di MERMAID oleh pengguna lain.

Hal ini tidak memerlukan autentikasi.

Gunakan fungsi-fungsi berikut untuk mengambil proyek publik dan mendapatkan data tingkat sample event secara langsung di R:

                        #tarik seluruh proyek publik yang tersedia di MERMAID

all_projects <- mermaid_get_projects() #you can also apply filters here

all_projects <- mermaid_search_projects()

#dapatkan data tingkat sample event untuk semua proyek publik yang tersedia

all_projects_summary_data <-mermaid_get_summary_sampleevents(limit = NULL) #you can also apply filters here

Anda juga dapat menerapkan filter di sini dengan mengikuti prosedur yang sama seperti pada Langkah 3 dan 4.

Mulai analisis Anda

Setelah Anda mengakses data Anda di MERMAID, Anda dapat memulai analisis Anda.

Untuk memulai dengan cepat, gunakan templat analisis siap pakai yang tersedia di Pusat analisis MERMAID.