Mengimpor data CoralNet dengan Easy PQT

MERMAID Easy PQT adalah aplikasi Shiny yang mudah digunakan yang dirancang untuk membantu Anda mengimpor data kuadrat bentik foto yang dianotasi di CoralNet ke MERMAID-tanpa memerlukan pengkodean apa pun di R.

Jika Anda tidak nyaman menggunakan paket R MERMAID mermaidr, Easy PQT adalah alternatif terbaik. Paket ini menyederhanakan proses dan memandu Anda melalui setiap langkah, memastikan data Anda diformat dan diimpor dengan benar.

Sebelum menggunakan MERMAID Easy PQT, Anda memerlukan akun MERMAID yang terverifikasi. Lihat Memulai.

Catatan: Hanya admin proyek yang dapat mengimpor data ke proyek di MERMAID Collect menggunakan Easy PQT. Proyek uji coba tidak akan muncul di daftar proyek.

Alur kerja Easy PQT

Langkah 1: Siapkan Proyek Anda di MERMAID Collect

Sebelum mengimpor data, proyek Anda harus disiapkan di MERMAID Collect:

Siapkan proyek baru (atau periksa apakah Anda memiliki proyek yang sudah ada dan siap untuk mengimpor data):
- Menambahkan organisasi Anda.
- Menambahkan pengguna dan menetapkan perannya.
- Mengatur kebijakan berbagi data.
- Menambahkan situs dan rezim manajemen yang terkait dengan data yang akan diimpor.

Baca lebih lanjut di Menyiapkan proyek.

Langkah 2: Ekspor Data dari CoralNet

Untuk mengekspor data dari CoralNet:

Navigasikan ke proyek Anda di CoralNet > Images > Image Actions > Export Annotations, CSV.
Pilih format label Both.
Sertakan kolom-kolom opsional: Image metadata - date and auxiliary fields.
Pastikan kolom tambahan termasuk: Situs, Rezim manajemen, dan Nomor transek (nama dapat disesuaikan). Jika Anda belum menggunakan kolom tambahan, Anda perlu mengaturnya di proyek CoralNet Anda (info lebih lanjut tentang cara menambahkan kolom tambahan dapat ditemukan di Metrik Kalkulasi di CoralNet halaman bantuan di bawah bagian Different table for different images.

Ekspor anotasi CoralNet Anda sebagai file CSV, pastikan untuk menyertakan label (baik kode pendek maupun nomor ID) dan bidang tambahan seperti situs, rezim manajemen, dan nomor transek.

Langkah 3: Buka MERMAID Easy PQT

Navigasikan ke MERMAID Easy PQT
Easy PQT akan meminta Anda mengotentikasi menggunakan kredensial MERMAID Anda.
Di bawah MERMAID project, daftar proyek non-tes Anda akan ditampilkan. Pilih proyek mana yang akan digunakan untuk mengimpor data CoralNet Anda.

Catatan: Hanya proyek yang tidak ditandai sebagai proyek uji coba yang akan muncul di dropdown Select a project.

Lakukan otentikasi dengan MERMAID dan pilih proyek yang akan diimpor datanya.

Langkah 4: Unggah file CSV CoralNet

Upload file CSV CoralNet Anda dengan mengeklik Browse atau seret dan letakkan file Anda ke dalam modal unggah. Easy PQT akan secara otomatis membaca file Anda.

Unggah file CSV CoralNet yang diekspor ke MERMAID Easy PQT.

Langkah 5: Mencocokkan kolom tambahan

Cocokkan kolom tambahan CSV Anda dengan Situs, Manajemen, dan Transek di proyek MERMAID Anda.
Easy PQT akan memvalidasi entri Anda dan menyoroti ketidakcocokan dengan penjelasan.

Cocokkan kolom tambahan CoralNet CSV Anda dengan metadata MERMAID yang ada. Kesalahan atau ketidakcocokan akan disorot.

Langkah 6: Tentukan atribut bentik MERMAID yang sesuai untuk label CoralNet

MERMAID Easy PQT secara otomatis menentukan atribut bentik MERMAID dan/atau bentuk pertumbuhan yang sesuai untuk label CoralNet.
Data yang belum terdaftar akan muncul dalam warna merah di bagian atas tabel. Klik dan ketik atau gunakan menu dropdown untuk menentukan atribut bentik dan/atau bentuk pertumbuhan yang benar.

Catatan: Anda dapat membiarkan kolom MERMAID Growth form kosong, namun MERMAID benthic attribute wajib diisi.

Setelah semua label Anda ditetapkan dan ditinjau pada atribut bentik MERMAID yang valid, Anda dapat mengklik tombol Confirm untuk melanjutkan proses impor.

Tinjau dan sesuaikan label yang diberikan untuk memastikan bahwa semua label CoralNet sesuai dengan atribut bentik MERMAID yang valid dan/atau bentuk pertumbuhan.

Langkah 7: Tinjau dan impor data ke MERMAID

Setelah data Anda diformat ulang dan divalidasi, klik tombol Import data.
Sebagai alternatif, Anda dapat memulai ulang dengan mengklik tombol Restart Easy PQT atau mendapatkan bantuan dengan mengklik tombol Get Help jika ada yang tidak sesuai.
Anda juga dapat mengunduh set data yang telah diformat ulang sebagai CSV dengan mengeklik tombol Download reshaped data di bagian kanan atas tabel.
Setelah proses pengimporan selesai, Anda akan menerima pesan konfirmasi di layar Anda: Import successful!
Anda dapat menutup jendela atau menggulir ke bawah dan mengklik Go to MERMAID Collect untuk menyelesaikan proses impor di MERMAID Collect.

Periksa kembali data Anda sebelum melakukan finalisasi dan melanjutkan dengan proses impor ke MERMAID.

Langkah 8: Lengkapi unit sampel di MERMAID Collect

Buka halaman Collecting di proyek Anda.
Lengkapi kolom yang diperlukan: kedalaman (depth), panjang transek (transect length), dan ukuran kuadrat (quadrat size).
Verifikasi informasi pengamat. MERMAID akan secara otomatis menugaskan Anda sebagai pengamat. Anda bisa mengganti pengamat jika orang lain yang melakukan pengumpulan data.

Setelah impor selesai, data Anda dapat diakses sebagai unit sampel di halaman Collecting. Lengkapi metadata yang diperlukan dan submit unit sampel yang telah divalidasi.

Validasi setiap unit sampel individu.
Submit setiap unit sampel yang telah divalidasi.
Setelah disubmit, unit sampel tersedia untuk semua pengguna proyek di halaman Submitted.

Catatan: Data yang telah diimpor akan terlihat di halaman Collecting Anda pada proyek yang diimpor datanya. Admin proyek dapat mentransfer seluruh unit sampel ke pengguna lain melalui halaman Users, jika dibutuhkan. Pelajari lebih lanjut tentang transfer unit sampe di

Imported data appears under your account in your personal Collecting page of the assigned project. If needed, a project Admin can transfer all sample units to another user via the project’s Users page. Read more about transferring sample units in Mengedit data.

Apakah Anda lebih memilih alur kerja berbasis kode di R?

Untuk pengguna R, lihat Mengimpor data lama ke MERMAID.